1、代码位数不同
税控发票的代码用18位的阿拉伯数字或大写英文字母编写，对涉及到的组织机构、法人、其他组织、组织机构代码、统一社会信用代码等相关概念作出了规定。
而非税控发票一律由15位、17位、18位或者20位码（字符型）组成，其中：企业、事业单位等组织机构税务人员，以国家质量监督检验检疫总局编制的9位码并在其前面加挂6位行政区划码共15位码。
2、种类不同
其中税控发票有增值税专用发票、增值税普通发票、增值税电子普通发票及机动车销售统一发票。非税控发票主要有通用机打发票和通用定额发票、冠名发票等。
3、格式不同
税控发票的格式、字体、栏次、内容与增值税专用发票完全一致，按发票联次分为两联票和五联票两种。
而非税控发票第二联（发票联）采用防伪纸张印制。代码采用专用防伪油墨印刷，号码的字型为专用异型体。
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