南昌大学第二附属医院拥有东湖院区、红角洲院区两大主院区，开放床位4000余张，是一所集医疗、教学、科研、预防保健、急救、康复为一体的现代化大型三级甲等综合医院。是江西省名列前茅的品牌医院，江西省急危重症和疑难病患者的首选医院，是中部地区重要的医疗救治、医学教育和医学科学研究中心。先后荣获“全国文明单位”、“全国五一劳动奖章”，连续三年获评“中国医院百强院”，入选国家建立健全现代医院管理制度试点医院，在2018年度全国三级公立医院绩效考核中考评等级为A+，位居江西首位、全国第24位。
二附院人始终秉承“崇德佑民”的院训，书写了诸多江西之最。普通外科、心血管内科、心胸外科、甲状腺外科等数十个学科均为省内首创学科，省内第一台肾、肝、心移植，第一台人工低温体外循环等一大批诊疗新技术在此诞生。
卫生服务能力雄厚。年门急诊量超过200万人次，出院人次14.27万，手术台次6.38万，平均住院天数7.40天，医疗服务高效运转，疑难手术频开，甲状腺恶性肿瘤DRGs连续5年位居全省第一，颈动脉支架和内膜剥脱技术等血管外科手术达国内领先水平，三四级手术占比超过92%，引领全省。充分发挥全省龙头医院的网络辐射作用，与123家医疗单位建立医联体合作关系，成立18个专科联盟，覆盖400余家基层医院。获批“中国胸痛中心”、“中国心衰中心”、“中国房颤中心”，蝉联“中国五星高级卒中中心”，成立江西省心血管病医疗中心。2018年获批国家心脑血管疑难病症诊治能力提升工程；2019年，获批省域重点疾病诊疗能力提升项目；2020年，获批国家重大疫情救治基地。
医院坚持“人才强院”发展道路。在职职工3600人，其中，专业技术人员3331人，占92.5%，高级职称625人，博导73人、硕导280人。医院名医荟萃,国家级百千万人才工程人选2人、国务院特殊津贴35人等，国家级人才计划共计50人次；入选江西省百千万工程人选、江西省杰出青年专家等省级人才计划266人次。各级学会任职达1600人次，其中国家级学会近700人次。
专科设置齐全。现有临床医技科室57个，16个学科进入全国医院专科百强，全省医学领先学科25个，现有心血管内科、普通外科、呼吸内科、神经外科、心脏外科等9个国家级和省级临床重点专科；甲状腺领域拥有全国十大名医，眼科、儿童眼科诊治水平处于国内先进行列，内分泌代谢科是省内唯一获批的国家重点代谢性疾病临床研究中心江西省分中心挂靠单位。拥有6个国家级临床培训基地、18个省级培训基地。
科研水平全省领先。拥有国家级科研平台6个、省级科研平台22个。近5年，发表学术论文3813篇，SCI收录论文1030篇，最高影响因子23.054，保持江西医疗单位最高记录。获批各级各类课题1965项，经费1.97亿元，其中国家自然科学基金、国家重点研发项目等国家级项目244项，经费1.28亿元。2020年首次牵头主持国家重点研发计划项目1项——“典型功能障碍患者智能康复辅具研发及应用示范”，经费1243万元，是首个由江西医疗团队牵头主持的国家重点研发计划项目。是省内唯一的两次获得江西省自然科学一等奖单位，2019、2020年分别获得江西省科技奖12、13项，连续两年获奖数超过全省卫生系统获奖数的50%。